Edirne’deki saray inşası 1450 yılında II. Murad’ın emriyle başladı. Tunca Nehri’nin batı kıyısında avlanma yeri seçildi. Selimiye Camii’nin daha sonra inşa edildiği yerde bulunan Edirne’nin merkezinden Eski Saray’a (Saray-i Atik) gelmişti.
- Murad’ın bir yıl sonra öldüğü sırada eseri bir süre askıya alındıktan sonra Konstantinopolis’in fatihi Sultan II. Mehmet tarafından istifa edilerek yeniden başlatıldı. Kuşkusuz, Bizans’ın çöküşüyle ve 1453’te Osmanlı başkentinin İstanbul’a taşınmasıyla Edirne, önceki yüzyılda sahip olduğu önemini yitirmiştir ancak sarayı 1475 yılında bitirmiştir.
Saraya Saray-ı Cedid-i Amire (yani Yeni İmparatorluk Sarayı) adı verildi ve sistematik olarak genişletildi. Sarayın dekorasyonu ve genişlemesi, Kanuni Sultan Süleyman ve IV. Mehmet’in de aralarında bulunduğu birbirini izleyen padişahların katılımından kaynaklanıyordu.
Kanuni Sultan Süleyman, saray, köprüler ve diğer binalar için su yollarının inşası emrini verdi. Saray meyve ağaçları ve çiçeklerle dolu bir bahçe ile çevriliydi. Vahşi ve evcil hayvanlar ile kuşların sürüsü oralarda yaşıyordu. Sultan’ın bu özel bahçesi, 1552’de baş bahçıvan Sinan Ağa tarafından yeniden düzenlendi. Saray bahçelerinin ayrıntılı tanımı Evliya Çelebi tarafından sağlandı ve ona Hünkar Bahçesi Sarayı – İmparator Bahçesi Sarayı olarak değindi. Evliya Çelebi, saraydan Şahabeddin Paşa Köprüsü’ne uzanan alanın ormanlık olduğu ve sarayın güneyinde çayırlar bulunduğunu iddia etmektedir. Bahçe lalelerle kaplıydı ve oluk, her türlü yabani hayvan ve kuşla birlikte söğütler, düz ağaçlar, selvi, kavak ve karaağaç ağaçları gibi süs ağaçlarıyla doluydu.
Saray, Sultan III. Ahmed’in sadece İstanbul’dan yönetmeye karar vermesiyle 1718’de terk edildi. Boşluk süresi boyunca, saray 1752 depreminde ve 1776’da çıkan yangın nedeniyle harap durumuna düştü. 1768’de Sultan III. Mustafa, Edirne’ye döndü. İlginçtir, Edirne Sarayı’na geri dönerek, 1717’de doğduğu yere geri döndü.
Sarayın kısımları 1825’te II. Mahmud’un döneminde onarıldı. Maalesef sarayı, 1829’da Rus’ın Edirne işgali sırasında çok ağır hasar gördü. Rus ordusu saray bölgesini askeri bir kamp olarak kullandı. Saray kompleksinin birçok binası 1868-1873 yılları arasında restore edilmiştir.
Ne yazık ki, zamanla buranın önemi azalmış ve saray binalarını 19. yüzyılın ikinci yarısında bir cephanelik olarak kullanmaya başlamıştır. Rus-Türk Savaşı sırasında 1878’de Edirne Valisi Cemil Paşa’nın emri üzerine saray patlatıldı. Bu karar, kapatılan Rus ordusu tarafından cephaneliğin ele geçirilmesine karşı önleme aracı olarak motive edildi. Yıkım, 20. yüzyılın başındaki Balkan savaşları sırasında tamamlandı. Sonuç olarak, tüm saray kompleksi neredeyse kayboldu. Tamamıyla ya da kısmen korunan yapılar arasında Adalet Köşkü, Panorama Köşkü, Kum Köşk Hamamı, Saadet Kapısı ve İmparatorluk Mutfakları bulunmaktadır.
2009 yılında sarayda restorasyon çalışmaları başladı. Kazı ve imar çalışmaları, Bahçeşehir Üniversitesi’nden Prof. Dr. Mustafa Özer tarafından yönetildi. Restorasyon projesi saray mutfaklarından başlanmış ve 2011 yılında Kum Köşk Hamamı yenilenmiştir.
Hürriyet Daily News, Temmuz 2013’te Matbah-ı Amire bölgesinden gelen önemli arkeolojik buluntular hakkında bilgi verdi. Kazılan objeler arasında akademisyenlerin Osmanlı mutfağının sırlarını incelemelerini sağlayacak mutfak eşyaları ve kaplar vardı.